・資源にやさしい(魚種・サイズを選択して漁獲する)漁具の開発研究
・栽培漁業の促進に向けた増養殖施設や魚礁などの開発研究
・光や音を利用した水産資源計測法の研究、開発 ー音響・衛星リモートセンシング・海中ロボット・CG技術を総合したマルチメディア計測ー
・魚群の生態に関する研究
・外洋生態系における魚類マイクロネクトンの役割の解明
・魚類マイクロネクトンと小型浮魚類の相互関係の解明
・魚の再生産、成長の解析と個体群動態モデルの構築
・資源管理方策の効果と実践状況の解析
・船舶を用いた現場海洋環境調査
・人工衛星を用いた広域海洋環境測定
・海流・波浪、潮汐や潮流の変動、水塊形成など、海水の運動に関する研究
・低次生態系に関する海洋環境の研究